员工擅自离岗，首先用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。
其次，当员工擅自离职，这时若员工在外发生人生意外伤害，严重点甚至发生意外死亡的，其家属极有可能把责任以及赔偿问题，推到公司、用人单位身上。
达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。
根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
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